Magento 2 zal niet backwards compatible zijn met Magento 1. Dat wil zeggen dat upgraden niet vanzelfsprekend is en er additionele werkzaamheden nodig zijn om te upgraden naar Magento 2. Dit moet er gebeuren om de gegevens zoals producten, klanten, geplaatste orders en configuratie instellingen over te zetten van Magento 1 naar Magento 2.
Media bestanden, zoals product afbeeldingen, categorie afbeeldingen en downloadbare producten kunnen gemigreerd worden door simpelweg de bestanden te kopieren. De bestandsstructuur is hetzelfde gebleven waardoor deze bestanden simpel te migreren zijn tussen Magento 1 en Magento 2.
Voor de gegevens uit de database is er een migratie tool beschikbaar. Deze tool kan data migreren vanuit Magento 1 naar Magento 2 en zorgt dat de gegevens op de juiste plek in de database komen te staan. De tool kan alle standaard Magento gegevens overzetten. Nadat dit initieel is gebeurt, maar de nieuwe versie nog niet in productie is genomen, kan de oude webshop voorzien worden van een “freeze”. Dit zorgt ervoor dat er in de oude store geen aanpassingen gedaan meer kunnen worden aan CMS pagina’s, configuratie instellingen en andere onderdelen. Wel zal de webshop gewoon blijven functioneren en kunnen er orders geplaatst worden. Shopeigenaren zijn in staan om nog orders en klantgegevens aan te passen en deze wijzigingen worden automatisch naar de in schaduw draaiende Magento 2 implementatie doorgezet. De tool kan ongeveer 1.000 producten per minuut migreren, 1.200 orders per minuut en 15.000 klanten per minuut.